Hundred, dünyayı işgal eden gizemli ve vahiş yaşam formuna karşı etkili olan tek silahtır ve bu silahı ustalıkla kullananlara Slayer denmektedir. Slayer olmak isteyen Hayato Kisaragi, Denizcilik Akademisi'nin Küçük Bahçe gemisine girmeyi başarır. Hayato, kendisini bir şekilde tanıyan oda arkadaşı Emil Crossford'a karşı tuhaf ancak tanıdık bir şeyler hisseder. Bu da yetmezmiş gibi okulun ilk günü, Kraliçe lakaplı okulun en güçlü öğrencisi Claire Harvey'le bir düelloda yüzleşmeye mecbur bırakılır.